Bioinformatique, l’outil informatique des biologistes

Bioinformatique, l’outil informatique des biologistes

  • mCatégorieA DISTANCE
  • PublicDoctorant.e.s en biologie
  • Durée2 jours
  • Inscription

La formation permet d’acquérir des compétences devenues indispensables pour les biologistes qui travaillent dans des laboratoires publiques ou privés.

Cette formation est destinée à donner un aperçu concret de l’outil informatique dans le domaine de la biologie moléculaire, en particulier pour l’utilisation des bases de données et l’identification de caractéristiques biologiques simples.

La deuxième partie de la formation fournira quelques connaissances bioinformatiques théoriques pour pouvoir mieux manipuler les programmes les plus utilisés, savoir notamment maîtriser le paramétrage et l’exploitation des résultats dans les programmes de comparaisons de séquences

Au terme de la formation, les personnes sauront utiliser des interfaces web pour consulter, rechercher et extraire des données à partir des principales bases de données du domaine, mais aussi interpréter biologiquement les résultats des programmes d’analyse de séquences biologiques les plus utilisés.

 

Première partie

– Présentation des outils d’analyse de séquences.
– Manipulation des programmes : exemples, pièges à éviter.
– Manipulation de programmes simples (carte de restriction, parties codantes…).
– Principales bases de données de séquences biologiques : bases généralistes. Bases spécialisées.
– Modes de consultation des bases (Entrez, ENA…).
– Manipulation de programmes plus complexes (recherche de motifs ou de signaux, recherche de similitudes entre séquences…).      

Deuxième partie

– Principales méthodes présentes dans les programmes de comparaison de séquences : Recherche d’identité. Recherche de similitude. Recherche d’alignement.
– Comparaisons entre deux séquences.
– Comparaisons entre une séquence et une base de données : les programmes standards FASTA et BLAST.
– Estimation des résultats obtenus.
– Disponibilité des programmes sur le réseau Internet.
– Exploitation biologique des résultats.

L’enseignement comprend des exposés théoriques suivis d’exercices pratiques effectués directement sur ordinateurs connectés au réseau Internet.

Les étudiants pourront utiliser un site web d’autoformation en dehors des périodes de cours afin de compléter et d’approfondir certaines notions.Il n’y a pas de niveau nécessaire pour cette formation, sinon de comprendre les concepts de base en biologie moléculaire, concepts maitrisés en principe par les doctorants des écoles doctorales en biologie.

 

Responsable de formation :

Christian Fondrat : PhD, Bioinformaticien, Responsable certification numérique d’Université de Paris

             

  • Email (contact pédagogique) : christian.fondrat@u-paris.fr
  • Dates prévisionnelles : Semestre 2 : 11 et 12 mars 2021 de 9h à 13h et 14h à 17h30
  • Lieu : FORMATION A DISTANCE Les modalités de connexion vous seront communiquées par les formateurs ultérieurement. Selon l’évolution des mesures gouvernementales la formation se déroulera en présentiel : en salle Escaig porte 714G dans l’espace Bourgery, au 7ième étage du bâtiment des St Pères, 45, rue des Saints pères, 75006 Paris (Métro St Germain)
  • Durée de la formation : 2 jours
  • Nombre de jours validés par le Département de formation des doctorants : 2 jours

  • Pré-requis : Connaissances basiques d’un ordinateur
  • Public visé : Doctorant.e.s en biologie
  • Effectif : 12